تتناول الوحدة الخامسة أوضاع القدس في العهدين الأيوبي والمملوكي، وتعالج حصار السلطان صلاح الدين الأيوبي لمدينة القدس عام 583ه/ 1187م، ولجوء الفرنجة إلى المفاوضات من أجل تسليم المدينة، وتسليمها وفق شروط اتفق عليها الطرفان، وتناقش الوحدة الإجراءات والتدابير التي اتخذها صلاح الدين الأيوبي بعد استرداد المدينة، وتتحدث الوحدة أيضا عن مدى اهتمام خلفاؤه بها وفضلا عن ذلك تتحدث هذه الوحدة عن القدس زمن المماليك، والنهضة العمرانية، والثقافية، والإقتصادية التي شهدتها المدينة.